Nada menos do que 45 times confirmaram que participarão na edição de 2009 do Campeonato Paulista da Segunda Divisão. Eles brigarão por quatro vagas na Série A3 de 2010. Porém, o modo de disputa está alterado, com cinco fases em vez de quatro. O modelo da primeira fase será mantido, com os times sendo divididos em seis grupos (três com oito equipes e três com sete). Classificam-se quatro equipes por chave.
Na segunda fase, começam as diferenças em relação à forma de disputa de 2008: os 24 times serão divididos em seis grupos com quatro times cada. Classificam-se dois times por chave, totalizando 12 equipes. No ano passado, o trajeto era mais difícil: os clubes eram divididos em apenas quatro grupos, com seis equipes cada, em que apenas os dois primeiros de cada chave seguiam na competição.
A terceira fase que terá 12 equipes em vez das oito do ano passado será disputada com três grupos de quatro times cada. Passam para a etapa seguinte os dois melhores de cada chave, além dos dois melhores terceiros colocados, somando oito times. A quarta fase será igual à terceira fase de 2008: dois grupos de quatro times, sendo que os dois melhores de cada chave estão promovidos à Série A3 do ano seguinte. O vencedor de cada grupo se classifica para a quinta e última fase a final para decidir o campeão da Segundona de 2009. Todas as fases do campeonato serão jogadas em turno e returno, e a primeira rodada está marcada para o dia 19 de abril.
A edição deste ano terá o retorno de clubes tradicionais que não disputaram a Segundona em 2008, como o Palestra de São Bernardo, a Matonense, o Palmeirinha de Porto Ferreira e o Lençoense; clubes buscando seu espaço no futebol paulista, como o Olé Brasil e o Desportivo Brasil, também participarão do torneio. Por outro lado, há a ausência de algumas equipes que jogaram o campeonato do ano passado: Ranchariense, Guarujá, Brasilis e Saltense são alguns exemplos. Os quatro clubes rebaixados da Série A3 estão confirmados: Santacruzense, Independente de Limeira, Taubaté e SEV/Hortolândia.
A divisão dos grupos foi feita seguindo o critério de regionalização, colocando os clubes mais próximos nas mesmas chaves.
Grupo 01: Ilha Solteira, Atlético Araçatuba, Fernandópolis, Assisense, Tanabi, Santacruzense, José Bonifácio e Tupã.
Grupo 02: Barretos, Inter de Bebedouro, Matonense, Guariba, Jaboticabal, Américo, Olé Brasil e Lençoense.
Grupo 03: Radium, Lemense, Guaçuano, Velo Clube, Independente, Paulínia, Sumaré e Palmeirinha.
Grupo 04: Red Bull, Atibaia, Capivariano, Primavera, Elosport, SEV/Hortolândia e Desportivo Brasil.
Grupo 05: Joseense, Primeira Camisa, Jacareí, União Suzano, ECUS, Taubaté e Mogi das Cruzes.
Grupo 06: São Vicente, Jabaquara, Taboão da Serra, Palestra São Bernardo, Barcelona, Mauaense e Guarulhos.
